在11 月当水温降至12 ℃ 时，鳄龟即潜入池底泥沙中，不吃不动，进入冬眠状态，以此度过长达半年之久的冬季。一直要到第二年的4 月，水温上升到15 ℃ 左右时才开始复苏，但这时的体重已减轻了10 ％-15％，如果鳄龟冬眠前体质差，冬眠期间就会死亡，勉强越冬过来的不久也会染病而死。所以，鳄龟的越冬管理是鳄龟人工养殖的一个重要环节，特别是稚鳄龟和亲鳄龟。
越冬前的强化培育是帮助亲鳄龟产后恢复、增强稚鳄龟体质的一个有效措施。越冬前的一二个月投喂的饲料增加一些动物性饲料，配合饲料中添加3 ％-5 ％的植物油、2 ％-3 ％的复合维生素等，促使其体内积蓄一定量的脂肪，满足越冬期间的能量需求。对后期稚鳄龟要采取保温、加温措施，提高水温，强化培育20-30 天。否则，露天养殖时一旦进人越冬状态，其成活率就毫无保障。
选择好的越冬场所。亲鳄龟选择阳光充足、避风、环境安静的池塘，池底铺20-30 厘米的软泥。稚鳄龟最好在室内池中越冬。
越冬期间调节好水位、水质。适宜越冬的水温为4-8 ℃ 。2005 年浙江某鳄龟养殖场利用塑料大棚越冬，3 月上旬，发现部分鳄龟在砂上伸长脖子而死。主要原因是由于大棚内水温高达13 ℃ ，鳄龟池水面长满厚厚的浮萍，在这样的环境下，鳄龟的代谢仍旺盛，体内储存的营养物质消耗过多，体质虚弱，13 ℃ 的水温下活动能力又很弱，没有能力蹿出水面呼吸空气，只能靠辅助器官呼吸水中的氧气，由于浮萍的覆盖，水中植物光合作用极少，空气中的氧气从表面溶人也被阻断，故水中溶解氧得不到补充，造成鳄龟缺氧，窒息而死。
越冬期间的水位应保持在1 . 5 米左右，1-2 月调换部分池水，保持鳄龟池周围的环境安静，以免鳄龟在水中受到惊吓，逃来逃去，消耗能量。另外，还必须保持水质有一定的肥度。
